Area sacra di Largo Argentina: fasi post-classiche

Nel corso del V secolo il portico settentrionale venne restaurato, forse distrutto a seguito di un terremoto e i passaggi tra i pilastri che segnavano il limite orientale dell'area vennero rialzati di circa 60 centimetri. Altre profonde trasformazioni nello stesso periodo si ebbero: nei pressi dell'area sacra, dove si venne ad impiantare lo xenodochium Anichiorum complesso destinato all'accoglienza di poveri e pellegrini.
Nei primi anni del secolo VI l'area sacra subì una ristrutturazione profonda della quale poco è rimasto di questa fase.
Comunque i passaggi tra i pilastri del limite orientale vennero chiusi, isolando l'area verso l'esterno facendole perdere il carattere di spazio pubblico.
Vennero tamponati anche gli intercolumni del portichetto settentrionale, che diventò un corridoio coperto. Le strutture tra i templi vennero coperte da una pavimentazione in travertino su cui sorsero stanze allineate lungo un corridoio.
Di fronte al tempio A venne edificata una grande sala rettangolare, divisa in due da una fila di pilastri e con un bancone che correva lungo le pareti. Questo complesso era forse un monastero e le stanzette a fianco del tempio A e dietro il tempio B erano probabilmente celle di monaci.

Forse l'oratorio del monastero era impiantato nel tempio A dove nei secoli seguenti sorgerà  una chiesa. Infatti il cenobio all'interno dell'area sacra era probabilmente un antico monastero, come citato nel Liber Pontificalis, il monasterium Boetianum, legato forse al filosofo Boezio.
Alla successiva fase di trasformazione dell'VIII-IX secolo è imputabile la rasatura e l'interro della grande sala davanti al tempio A, il rialzamento del piano di calpestio di circa 1,20 metri nell'area antistante ai templi e la costruzione di una serie di strutture in blocchi di tufo, demolite nella sistemazione dell'area nel 1929.
Queste strutture forse erano residenze delle fasce aristocratiche e cambiarono la struttura dell'area che cessa di vivere come un complesso unitario.
L'età  carolingia rappresenta il momento della rottura dell'impianto ereditato dalla città  antica, con la creazione del reticolo di strade, piazze e vicoli della nuova città  medioevale.
Allo stesso periodo devono essere attribuite anche le prime testimonianze archeologiche dell'impianto di una chiesa all'interno del tempio A. La fondazione dell'abside è infatti costruita nella stessa tecnica in blocchi di tufo di reimpiego delle altre strutture di questa fase, e anche la cripta semianulare ha una tipologia caratteristica delle chiese databili ad età  carolingia. Il quartiere, come sempre nella città  medioevale , era caratterizzato da una grande promiscuità  sociale, per cui artigiani, mercanti e aristocratici vivevano fianco a fianco, naturalmente distinti dalla diversa ricchezza nelle rispettive case.
Nel Medioevo la chiesa del tempio A subì delle modifiche: al 1132 è attribuibile l'attuale sistemazione dell'abside e del presbiterio, l'altare a cippo tuttora visibile, gli affreschi dell'abside e una ristrutturazione della cripta.
Nel XIV secolo la chiesa venne allargata e venne creata la piccola absidiola laterale e l'abbandono della cripta.
Nel 1132 la chiesa venne dedicata a San Nicola del quale si stava diffondendo in quel periodo in Italia il culto.